工学専攻では所定の期間在学し、各コースが設定した分野の履修要件に基づき合計 14 単位以上修得し、医工農総合教育部が行う学位論文の審査及び最終試験に合格した学生に博士(工学)あるいは博士(学術)の学位を授与します。学位論文は、工学専攻委員会（教授会）の議を経て決定された６名で構成された審査委員会が審査を行います。また、最終試験においては、専攻分野に関する専門知識に加え人材育成目標に掲げる医工農学の俯瞰力、科学者としての倫理観、グローバルコミュニケーション力および高度専門職業人としての能力について審査します。学位審査及び最終試験の合格判定は工学専攻委員会が行います。
エネルギー物質科学コースの履修基準を満たし、エネルギー・環境問題を深く理解し、材料科学、半導体工学やエネルギー科学等に関連した高度な専門知識を駆使して、問題解決、改善に通ずる新しい材料やシステム、デバイス等の研究・開発に携わる研究者、高度専門職業人として国内外の産学界、高等教育機関等において活躍できると判定された者に博士（工学）(Doctor of Philosophy (Engineering) )の学位を授与します。
産業界や学術機関において研究者、高度専門技術者として活躍できる博士人材を育成するために次のカリキュラムを実施します。
高度専門職業人が備えるべき倫理感を習得するための「科学者倫理学」および医工農の学際的な知識を身につけるための「医工農総合特論」 を必修とします。
工学系の幅広い見識と俯瞰的なものの見方および物理学、数学、現象哲学など多様な分野を総合して現象を理解するための「機能の現象学特論」およびリスク管理や危機管理において実務に直結する実践的な知識を習得するための「リスクマネジメント特論」を必修とします。
当該分野の基幹技術に関する広範かつ高度な専門知識および専門応用能力を修得するため の科目をコース専門科目として開講します。
俯瞰的な知見や専門応用力を培うために関連する他分野の科目を履修することができます。
「物質化学分野」、「電子デバイス分野」、「グリーンエネルギー変換工学分野」の 3 分野で構成されたエネルギー物質科学コースでは、各々の分野内で高度な専門知識の教育を行うだけではなく、分野間で横断的な相互協力を行い、個々の分野のみでは学ぶことが難しい、幅広い専門知識の教育も行います。コース内の幅広い専門知識と、分野内のより高度な専門教育とのバランスの良い研究教育により、産学界で永続的に活躍できる人材の養成を行います。
工学専攻は、産業界や学術機関において研究者、高度専門技術者として活躍できる博士人材を育成します。現代文明とそれを支える産業の持続的発展やイノベーションに貢献しようとする意欲と博士課程の教育を受けるに足る基礎力をもった学生を求めます。
エネルギー・環境問題の改善のための新機能材料合成、新デバイスの開発、エネルギー関連材料の創製やシステムの構築において、専門的知識と技術を駆使してさらに発展させたいと考えている人、またこれらの研究開発に関わる専門技術者・研究者を目指す人を求めます。
